厄尔尼诺现象导致巴拿马降雨减少，巴拿马运河 3 日起下调每日允许船舶通行数量。

据巴拿马运河管理局发布的公告，由于为运河供水的人工湖水位下降，9 月 3 日起，运河每日可用通行名额总数从 36 个减少到 34 个，其中，新巴拿马型船闸为 9 个，巴拿马型船闸 25 个。9 月 15 日起每日通行名额总数将进一步减少到 32 个。船舶吃水深度从 15.24 米降至 14.63 米。

这条水闸式运河采取阶梯通行方式。船只必须 " 乘电梯 " 通行，经过一级级船闸升降船体。运河水源主要依靠雨水补给，储存在多个人工湖中。如果没有足够的水，升降船只的船闸将无法正常运转。

运河管理局水资源经理埃里克 · 科尔多瓦说：" 水是运营（运河）最重要的资源，但 4 月至 8 月的累计降雨量缺口比历史平均水平低 35.8%…… 短期内看不到改善迹象。"

巴拿马运河管理局表示，虽然巴拿马已进入雨季，且运河方面也采取了相应节水措施，但运河流域内降雨量仍不及预期。

受厄尔尼诺现象影响，巴拿马政府 8 月 25 日宣布全国进入紧急状态，以应对干旱、洪水等灾害风险及其对巴拿马运河航运、农业和能源供应等方面造成的影响。