历时 7 年升级改造后，重建的皇岗口岸于 2026 年 10 月 12 日上午 6 时 30 分正式开通。

重建后的皇岗口岸联检大楼总建筑面积达 68.97 万平方米，是目前全球最大的陆路口岸单体建筑。该联检大楼构建了地上地下立体交通体系，接入 5 条轨道交通和 5 条巴士线路，为旅客及客运车辆提供 24 小时通关服务。

同时，皇岗口岸通关模式由 " 两地两检 " 调整为 " 一地两检 "，深港两地查验集中到同一栋联检大楼内。在新模式下，旅客通关时长由原来的 30 分钟缩短至 5 分钟。

在前期筹备阶段，移民管理警察已分批入驻并轮流值守，对设备进行检查调试。10 月 12 日，包括深圳边检总站皇岗边检站执勤十四队副队长杨子恒在内的执勤人员，从前一晚到当天凌晨 4 时陆续到岗，并在现场执勤待命。

通关首日现场，杨子恒向 21 世纪经济报道记者表示，新皇岗口岸现在采用 " 合作查验、一次放行 " 的通关模式。

" 以我们身后的自助快捷通道为例，旅客在第一道门放置证件并刷脸读取信息，闸门随后打开；第二道门会采集指纹并进行人脸核验；第三道门由入境方进行身份核验。这样，旅客就完成了一次完整的通关流程。"

他表示，相较之前的 " 两地两检 "，目前 " 一地两检、合作查验、一次放行 " 模式将旅客通关时间从 30 分钟缩短至 5 分钟，最快仅约 20 秒，通关效率大幅提升。

首位入境深圳旅客黄女士向记者表示，皇岗口岸对夜班人士非常友好，之前需要乘坐巴士（皇巴）接驳至皇岗口岸，改造后大大缩短了她的通勤时间。

首批入境深圳旅客之一的舒同学在上午 6 点半入境深圳，赶着 8 点上课，他表示改造后的皇岗口岸很方便，很节省时间，" 看到国家建了这么大一个通关设施，便利了我们，感觉很好。"