今年夏季，受欧盟新电子边境系统实施影响，法兰克福和史基浦机场两大欧洲主要枢纽的旅客高峰等待时间较去年同期翻倍。旅行分析机构 Qsensor 数据显示，法兰克福机场 7 月出行高峰期最长排队时间达到 120 分钟，高于去年同期的 60 分钟；慕尼黑机场从 31 分钟增至 60 分钟；阿姆斯特丹史基浦机场从 80 分钟增至 120 分钟。该系统于今年 4 月启用，要求来自英国及其他非欧盟国家的旅客在首次入境时登记指纹、照片和个人信息。法兰克福机场发言人表示，新边境检查已导致 " 航班延误和进一步运营中断 "。

该系统旨在通过追踪出入境人员、查处签证逾期者及协助查找犯罪嫌疑人来加强欧盟边境安全，但实施过程屡遭延误、技术故障和硬件问题困扰。行业人士多次预测新系统将导致长时间延误，并警告称机场难以足够快速处理旅客将造成瓶颈。瑞安航空首席执行官迈克尔 · 奥利里批评该系统 " 设计失误 "，应迁移至线上办理，并称已在约 15 个机场观察到明显排队现象。

数据清晰显示了三大机场——均为欧洲最大航空枢纽——在高峰时段的排队激增。慕尼黑机场等待时间的变化仅体现在需人工查验的旅客身上，表明出入境系统登记是延误因素之一，自动通道则预留予无需登记的欧盟旅客。为缓解压力，许多机场已临时关闭部分出入境系统检查环节，如高峰时段不采集指纹。这一灵活安排将于 9 月到期，但已有八个欧盟成员国及瑞士向欧盟委员会申请延期。欧盟委员会发言人表示，正与部分成员国就边境检查点面临的挑战进行密切协商，并指出出入境系统平均登记时间为 70 秒，" 在大多数情况下 " 对非欧盟旅客影响有限，同时强调该系统自启用以来已登记 1.6 亿人次出入境，具有 " 非常明确的安全效益 "。

英国航空公司首席执行官肖恩 · 多伊尔表示，系统在某些机场确实引发 " 冲突点 "，但总体上未对运营造成 " 显著 " 影响。易捷航空首席执行官肯顿 · 贾维斯敦促尚未使用灵活措施的机场 " 运用常识，不要让旅客排队等待三个小时 "。欧盟委员会目前正在与成员国讨论延长现有豁免安排的可能性。